Управление Учреждением осуществляется в соответствии с законодательством Российской Федерации и Уставом Учреждения на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности.
Учредителем и собственником имущества Учреждения является муниципальное образование город Салехард. Полномочия собственника имущества осуществляет Администрацией муниципального образования город Салехард, в соответствии с постановлением Администрации города Салехарда от 26 сентября 2012 года № 473 «Об осуществлении функций и полномочий учредителя муниципальных учреждений муниципального образования город Салехард».
Регулирование, координацию и контроль деятельности Учреждения осуществляет структурное подразделение Администрации города Салехарда, которое выполняет функции по управлению в сфере образования – департамент образования Администрации муниципального образования город Салехард.
Управление осуществляется на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности. Единоличным исполнительным органом учреждения является заведующий, который осуществляет текущее руководство деятельности учреждения.